Posljednjih godina Krka je ispoštovala zahtjeve ISO 14001 standarda te je intenzivno ulagala u zaštitu okoliša kako bi u potpunosti udovoljila zakonskim obvezama na tom području. Krka u potpunosti zadovoljava sve propise o zaštiti voda, otpadu, čistoći zraka i buci. U isto vrijeme ISO 14001 standardom uveli smo i transparentni sustav praćenja i obavješćivanja na području zakonodavstva zaštite okoliša. To nam omogućuje prepoznavanje inovacija i njihovo uključivanje u programe zaštite okoliša.
Krka je izradila i podnijela zahtjev za dobivanjem ekološke dozvole u skladu sa zahtjevima Ministarstva okoliša i prostornog planiranja za cjelovitom zaštitom okoliša i Uputom o cjelovitom sprječavanju i nadziranju onečišćavanja (IPPC Directive, od engl. Integrated Pollution Prevention and Control). Smatramo da smo udovoljili svim zahtjevima za dobivanje licence o zaštiti okoliša jer je naša tehnologija u skladu s najboljom dostupnom tehnikom (BAT, od engl. best availabe technique).